1.外壳与按键的区别
iPhone5S外壳采用金属和玻璃的组合，具有双LED闪光灯，并取消了Home键中的矩形方框设计。iPhone5S的机身尺寸为123.858.67.6毫米，重量为112克，与之前的iPhone5基本相同，有深空灰、白配金和白配银三种颜色。
而iPhone5C则采用一体成型的塑料外壳，尺寸为124.459.28.97毫米，重量为132克；有绿、白、蓝、粉、黄五种颜色。iPhone5C的后壳使用聚碳酸酯材质，质感比普通塑料要好很多，其音量调节键和振动/声音切换开关恢复为原来的梨形，而非圆形。
2.处理器与摄像头的区别
在硬件方面，iPhone5S有很大的升级。它搭载了全新的64位A7处理器，该处理器具有2个通用寄存器和超过10亿晶体管。iOS7可以完美兼容A7处理器。据称，A7的性能比之前的A6提升了2倍，同时比第一代iPhone的CPU性能提升了40倍，GPU性能提升了56倍。
摄像头方面，苹果iPhone5S将采用800万像素背照式摄像头，单个像素尺寸为1.5微米，拥有F/2.2光圈。为了提升iPhone5S的夜拍能力，它还配备了双LED闪光灯。摄像头具有蓝宝石水晶镜头表面和5镜式镜头。
而iPhone5C则配备A6处理器，配置有800万像素主摄像头和190万像素前置摄像头。使用苹果Lightning(雷电)数据线接口。可选有16GB/32GB的存储空间。内置的电池可提供250小时的理论待机时间。
3.特色新功能的区别
苹果为iPhone5S新增了指纹识别安全功能“Touch ID”，这是iPhone5S独特的设计。轻触主屏幕按钮，5S会自动识别用户的指纹并解锁，此外指纹还可用于购买App Store应用程序等。HOME键本身是一块蓝宝石玻璃，按钮本身的不锈钢环可以检测手指接触，然后将用户的指纹透过HOME键传输到感应器。读取指纹的次数越多，指纹识别就会越精准，而且Touch ID还支持多个指纹。用户的指纹信息全部加密存储在A7芯片内部，不会被传输到苹果或iCloud，其他软件也无权访问。
指纹识别可称为苹果iPhone5S最重要的杀手级应用。指纹识别功能可以用于解锁iPhone5S，新的Touch ID传感器厚度为170微米，识别精确度达到了500ppi，可确保读取数据的准确性。
